Строительство крепости Святого Тьяго началось примерно в 1614 году, о чем свидетельствует табличка у входа.

Строительство крепости началось под руководством Жерониму Жоржи, фортификатора, приехавшего на Мадейру для замены другого специалиста - Матеуш Фернандеша - автора проекта крепостных стен города, работавшего на Мадейре с 1596 года. После смерти Жерониму Жоржи в 1617 году, строительство крепости продолжалось под руководством его сына Бартоломео Жуао. Первая фаза строительства крепости была завершена в 1637 году в эпоху правления короля Филиппа II Португальского (Филиппа III Испанского).

В XVIII веке началась вторая кампания по строительству крепости, и в то же время по приказу губернатора Жозе Каррейра-де-Са были выписаны новые орудия из Англии. Строительство крепости продолжилось под руководством инженера Тосси Колумбина, автора проекта строительства порта Фуншала. В честь окончания строительных работ была установлена табличка, датированная 1767 годом.

Некоторые постройки крепости были установлены во времена наполеоновских войн в начале XIX века, выполняя роль казарм для британских войск. А уже в 1803 году многие семьи нашли убежище в крепости во время страшного наводнения. В середине XIX столетия здесь был построен дом командующего войсками.

В начале XX века начались строительные работы по улучшении крепости, продолжавшиеся до приезда в 1901 году короля Карлуша I. В то время крепость являлась местом базирования Артиллерийской передвижной батареи. 

Передача крепости в ведение Автономному региону Мадейра приходится на 17 июля 1992 года. В то время в крепости базировались полицейские подразделения Фуншала. В ходе реализации плана о дальнейшем использовании освободившихся помещений, было принято решение о расположении в крепости Музея современного искусства, а также исторического "уголка", повествующего о пути военного развития и стратегического значения крепости по отношению к другим военным сооружениям побережья Фуншала.

В настоящее время крепость Святого Тьяго популярная достопримечательность Мадейры среди туристов.