Проект Церкви Святого Иоанна Евангелиста был подготовлен задолго до начала строительства церкви. 

Однако, церковь была построена только в 1624 году. Автором проекта был Матеуш Фернандеш, руководивший строительством на острове Мадейра по указанию короля. К 1630 году были построены стены, а к в 1640 году строительство было закончено.

Церковь представляет собой типичный храм иезуитов с нарезными алтарями, датированными 1647, 1648, 1654 и 1660 годами. Главный алтарь был изготовлен в мастерской Мануэля Перейра - одной из самых известных национальных мастерских по нарезке из дерева. Также церковь является единственной на Мадейре хранительницей мощей, относящихся к легенде "Об 11 тысячах девственниц".

Церковь расположена на Муниципальной площади города Фуншал и является популярной достопримечательстью Мадейры.